胃底間質瘤根據大小可以選擇不同的治療方法，現在對於2cm以下的胃間質瘤，可以通過內鏡的方法切除，切除以後根據病理類型決定是否是需要後續的藥物治療，一般情況下＜2cm的胃間質瘤是低危險度的胃間質瘤；如果病人間質瘤＞2cm的間質瘤，可以採取手術方法，手術的方法把胃間質瘤切除以後，根據病理類型選擇不同的治療方法。如果是低危險度的間質瘤，一般情況下做完手術或者內鏡後不需要後續的治療；如果間質瘤是中危險度或者是高危險度的間質瘤要口服藥物，口服藥物加後續的輔助的防止復發轉移。

對於胃間質瘤尤其是小的胃間質瘤可以治癒；對於大的胃間質瘤，可以在手術切除的基礎上輔助藥物治療。對於胃間質瘤一般情況可以治好，因為已經發生轉移的胃間質瘤比較少，如果病人已經發生多處轉移，表明病人是高危險度間質瘤，治好的可能性不是很大。一般情況下如果是低危險度和中危險度可以治好。