膽汁反流性胃炎較難治癒。膽汁反流性胃炎從病因上分為器質性原因以及功能性膽汁反流。器質性原因主要見於膽系疾病，如膽囊結石、膽管結石等，這一類患者往往存在膽汁分泌不協調而導致有毒性膽汁酸成分增加，從而導致損害胃黏膜。建議口服熊去氧膽酸調節膽汁分泌，減少有毒性膽汁酸對胃黏膜造成的損害。因膽結石發病原因很多，也很複雜，很難從根本上去除膽結石發病原因。膽結石不能根治，膽汁反流性胃炎也就很難去除。功能性原因多見於青年人，往往是因為胃竇、幽門括約肌、十二指腸蠕動不協調造成的膽汁反流。

患者需三餐規律、勞逸結合、避免精神壓力過大。在症狀比較嚴重時可口服中和膽汁藥物，保護胃黏膜，再口服促進胃動力藥物，使膽汁儘快向下轉移，而不反流到胃中。