胃間質瘤的腫瘤大小和部位非常關鍵，因為胃是間質瘤好發的部位。在胃間質瘤方面，多數患者是通過體檢或者其它檢查，如胃鏡、CT，可以看到胃上長了個腫物，如果在2cm以內，從醫學角度來看，建議觀察，可以不採取切除以及其他任何治療，密切隨訪觀察即可。如果在2cm以上，懷疑是胃間質瘤，建議外科手術治療。

外科手術治療的好處是可以完整的、規範性的對腫瘤進行根治性切除，因為從概念上，這是個胃腸道惡性間質瘤，所以規範性的、完整的腫瘤切除對於患者將來的預後是非常關鍵。