胃間質瘤手術的費用也是很多人關心的問題，但很難得出確切的手術費用，因為每個病人的情況是不一樣的。如果是常規普通患者，沒有明顯的合併症，比如說沒有肺部疾病、高血壓、糖尿病以及其他慢性病，單純的胃局部微創的手術，總的費用大概在20000-30000元，大概80%左右甚至更高的比例可以獲得醫保報銷，是常規的操作費用。

如果患者合併有其它的慢性病，在手術之前，因為是外科全麻微創手術，需要對病人的心臟、肺相關的合併症進行評估、檢查，為了患者能夠更安全地接受手術，患者合併症相關的檢查費用會略微高一點。