胃間質瘤手術後能不能獲得痊癒，主要取決於患者的病理分期。在外科手術以後，醫生獲得了病理標本，會進行詳細的病理檢測，包括腫瘤大小的測量、腫瘤具體性質的核分裂象的測定以及發病部位的確診。綜合以上因素，病人會獲得詳細的病理分期，就是低度惡性組、中度惡性組、高度惡性組。如果患者是低度惡性組，幾乎接近於良性疾病，預後還是非常好的，復發的幾率也是比較低的。

如果病理結果是中危組或者高危組，患者術後就需要靶向藥物的治療，最大限度地控制疾病，避免將來複發和轉移。所以如果患者對藥物有很好的敏感性，能夠從術後靶向藥物上獲益，復發轉移的幾率也會大大降低，預後還是非常好的。