胃間質瘤和其它腫瘤一樣，都是有可能會復發的，但是復發幾率取決於首次手術胃間質瘤的分期狀態。胃間質瘤是間葉組織來源的腫瘤，分期主要依靠腫瘤的大小以及腫瘤的核分裂象、部位決定。

分期分為極低危、低危、中危、高危、極高危等組別。對於極低危患者，復發風險非常小，可將其視為良性腫瘤觀察。但對於極高危患者，復發風險非常高，多數患者會在幾個月、半年或者1年內復發。

對於這種病人，要採取術後的藥物來治療來輔助降低復發的風險。一般採取的降低風險方案是化療方案，主要採取的是一線和二線的化療藥物，如格列衛和索坦這類的藥物以控制復發。