膽汁反流性胃炎可能癌變。膽汁是鹼性消化液，胃內正常狀態屬於低酸環境。膽汁如果長期反流，鹼性消化液可進入胃內對胃產生刺激、損傷，造成胃黏膜慢性炎症。長期炎症刺激可以引起腸上皮化生，隨著炎症持續刺激以及化生範圍擴大，可能出現上皮異型增生。

損傷因素與異型增生反覆交替，胃黏膜可能由低級別上皮內瘤變發展，數年之後發生胃癌風險會升高。治療除口服中和膽汁的藥物外，通常合用促進胃腸正向蠕動的促動力藥物，發生癌變在早癌階段，可行內鏡下ESD技術微創處理。