膽汁反流不一定是膽的問題，經常會因為幽門功能的問題出現膽汁反流的情況。幽門的功能不協調，胃、幽門、十二指腸在整個過程中幫助消化系統的消化液排洩，此過程出現不協調的狀態時，會出現膽汁反流的情況。做遠端胃切除手術之後的病人，幽門切除後，幽門抗反流功能消失，容易出現膽汁反流的情況。胃的急性、慢性的炎症，長期幽門螺桿菌感染狀態，胃黏膜損傷的情況都會影響胃的狀態。所以出現胃的功能性疾病，造成膽汁反流的狀態。膽道疾病也可能出現膽汁反流的情況。膽囊炎、膽囊切除術後膽道的疾病也會出現膽汁反流。