食管閉鎖手術後遺症如下：

1、任何傷口都會有疤痕形成，食管收縮後可能再次出現狹窄，所以在術後要進行定期食管擴張，避免食管攣縮過小回到狹窄或閉鎖狀態。同時患者手術前需要儘量少吃，使管道能夠順利通過，術後可逐漸增加食量及營養，有助於手術順利恢復，保證患兒正常生長發育；

2、術中可因營養較差導致管道連接失敗，需通過後期進行再次修補。