新生兒一旦出現壞死性結腸小腸炎，首先需採取措施為控制飲食，進行必要抗菌治療，同時觀察患兒病情進展程度。如果患兒通過保守治療，病情出現好轉，則繼續治療即可。

通常小腸結腸炎的病變範圍較廣，從小腸至結腸均會發生炎症，而且各個腸段炎症程度不同，嚴重節段甚至可出現炎症或穿孔，若患兒出現上述情況，需緊急進行手術處理。