兒童學習困難的原因非常複雜和多樣，所有發育行為兒科疾病都可能引起學習困難，如注意缺陷多動障礙、智力障礙、閱讀困難、讀寫障礙、孤獨症譜系障礙及行為問題，均可能引起學習困難。

可以針對導致學習困難的原因進行治療和干預，如多動症引起學習困難，6歲以前的小兒可採取行為管理治療注意缺陷多動障礙，隨著注意力提高，多動情況好轉，學習困難可以得到解決；6歲以上的小兒的治療原則是藥物治療結合行為治療，多動症治好後，學習困難的問題可以得到解決。此外，智力障礙導致學習困難，首先要進行智力認知功能訓練，智力和認知功能得一定改善，學習困難才能緩解。