子宮內膜異位症患者自然受孕概率大約在50%-60%，子宮內膜異位症患者多半存在卵巢囊腫。因為卵巢囊腫破裂以後一般流出的液體呈黏稠、褐色，類似融化的巧克力醬，因此稱為卵巢巧克力囊腫。卵巢內異囊腫會對正常卵巢組織產生一定破壞，影響正常排卵。巧克力囊腫在囊液破裂以後流出的液體會引起周圍組織及器官粘連，影響輸卵管功能造成不孕。

盆腔內膜異位結節分泌前列腺素等因子，干擾輸卵管拾卵和子宮內膜容受性導致不孕。根據子宮內膜異位症的病灶位置以及病變程度不同，懷孕幾率存在差異。如果子宮內膜腺體和間質侵入到整個肌層合併內異，懷孕幾率可以達到50%-60%。如果內異病灶只是影響到單側輸卵管，另外一側輸卵管無任何異常，自然懷孕幾率大概在60%-80%。如果子宮內膜是異位到腹壁切口，每次月經時切口處硬結都會出現疼痛，隨月經頻次增加，硬塊越來越大，稱為腹壁切口異位腫塊，此類情況不影響懷孕。因此建議廣大患者確診後儘早治療、儘早試孕。