子宮內膜異位症處理方式需根據臨床分期而定，通常包括以下方面：

1、觀察隨訪：臨床將子宮內膜異位症分為Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期，對於Ⅰ期、Ⅱ期患者而言，若無任何症狀可以進行隨訪，間斷性服用避孕藥一類的藥物抑制子宮內膜異位症進展；

2、藥物治療：對於Ⅲ期、Ⅳ期患者而言則必須使用藥物治療，否則症狀可能會愈加嚴重。部分患者出現內膜樣囊腫後經過治療痊癒，但一段時間後再次復發，因此對於子宮內膜異位症患者，需要進行長期隨訪以預防復發。建議此類患者常到醫院由醫生進行間斷性預防復發治療，以延緩復發情況和改善患者狀況。