一般陰道B超能檢查出子宮內膜異位症，無論1cm、2cm或更大的異位病灶，都能通過陰道B超發現。子宮內膜異位症是婦科常見頑症，不易治療，該病可發生在盆腔各處，如子宮肌層、卵巢等。陰道B超查出子宮內膜異位症，一般提示病灶較大，已經產生結節或囊腫，如巧克力囊腫。

對於較表淺的盆腔廣泛性子宮內膜異位病灶，陰部B超可能無法發現，腹腔鏡檢查或手術治療時僅能看到斑點，無較大的病灶存在，所以陰道B超無法發現。陰道超聲能發現異位病灶較大或發生時間較長的子宮內膜異位症，對於早期程度較輕的子宮內膜異位症，無法通過陰道B超檢查出，但可通過手部觸診及腹腔鏡檢查發現，早期無症狀的子宮內膜異位症一般可不處理。