孕三烯酮膠囊能在一定程度上治療子宮內膜異位症，目前子宮內膜異位症的治療方法較多。子宮內膜異位症一般表現為卵巢巧克力囊腫，即卵巢子宮內膜異位囊腫，還有盆腔子宮內膜異位症，包括盆腔深部的子宮內膜異位病灶。一般需手術治療，目的是清除病灶，但較難完全剔除乾淨。

子宮內膜異位症是良性疾病，但可能轉移、復發，術後需對子宮內膜異位症進行治療管理，防止其復發，可口服孕三烯酮膠囊。孕三烯酮膠囊治療子宮內膜異位症時，能在一定程度上能防止其復發，但副作用較大，目前應用較少。目前存在比孕三烯酮更有療效的藥物，如地諾孕素，還可注射GnRH-a激動劑。