子宮內膜異位症是否嚴重因人而異，若症狀較輕可能僅表現為卵巢子宮內膜異位囊腫。此時子宮內膜會異位到子宮肌層導致子宮腺肌瘤或子宮腺肌病，但可能不會出現明顯的臨床症狀，更不會因為子宮內膜異位症而影響日常的生活、工作，定期觀察並及時給予治療即可。

但在臨床上也存在較嚴重的子宮內膜異位症，甚至卵巢部位反覆破裂，此時卵巢的子宮內膜異位症囊腫被稱為巧克力囊腫。反覆破口以及內容物流出會造成周圍組織的粘連，嚴重時可能會導致不孕症以及反覆發作的痛經。若盆腔子宮內膜異位症導致盆腔廣泛粘連，此時解剖結構的異常會使輸卵管蠕動受到障礙而造成卵巢排卵無法被輸卵管所撿拾，未來則可能會導致不孕症的發生。此外，部分女性可能會發生較嚴重的子宮腺肌病，並且盆腔的子宮內膜異位症會導致痛經逐年加重，同樣較為嚴重。