子宮內膜異位症早期診斷較為困難，因為部分早期子宮內膜異位症的患者並無任何臨床症狀，既無痛經，也無月經量多。部分患者會因為不孕症就診，醫生需檢查排查具體原因，可能會確定為子宮內膜異位症所引起。

很多疾病早期無任何臨床症狀，患者可能會忽略。該病經常在不孕症的患者檢查時發現，此時已不屬於早期，因為已影響到妊娠，患者不能自然受孕。還有痛經的患者，因為痛經就診於婦科，通過B超檢查子宮大小、卵巢情況，結果發現卵巢有巧克力囊腫。對於巧克力囊腫則需要根據患者需求進行處理，當囊腫長到5cm以上時則需手術干預治療。