子宮內膜異位症患者的懷孕幾率較正常女性低。文獻表明，50%的不孕症患者合併子宮內膜異位症。子宮內膜異位症影響懷孕的原因較多，目前公認原因是病灶導致輸卵管、盆腔病灶粘連，輸卵管功能存在障礙，可以造成送卵困難。同時，卵巢異位囊腫可導致排卵功能障礙，較大卵巢囊腫會影響正常卵巢功能。

目前研究較為熱門的是免疫因素，如此類患者存在抗精子抗體，導致懷孕困難。因此，子宮內膜異位症的手術指徵之一是存在卵巢囊腫，手術以後半年內懷孕概率最高。