子宮內膜異位症最典型症狀是繼發性痛經進行性加重，患者多表現為下腹部、腰骶部及下腹正中疼痛，甚至放射至會陰、肛門及大腿。多出現於月經來潮後，少數患者月經前出現持續到整個經期。但子宮內膜異位症引起疼痛與患者體徵一般不相符，疼痛與病灶大小無關，主要與病灶部位有關。

部分患者子宮內膜異位症出現於子宮直腸窩以及低韌帶，這種情況會出現同房疼痛。部分患者存在卵巢囊腫即卵巢異位症，卵巢巧囊達到8-10cm，甚至10cm以上，不一定出現痛經症狀，大約27%-40%子宮內膜異位症患者疼痛症狀與體徵不相符。