子宮內膜異位症可以侵犯全身任何部位，例如最常侵犯部位是卵巢，隨月經週期出血，卵巢部位存在週期性出血。隨時間延長，出血部位囊腫逐漸增大。卵巢囊腫增大以後一般B超可以發現，發病率第二名為盆腔腹膜，表現盆腔腹膜小異位病灶，此時B超一般無法發現。但婦科檢查會在患者宮頸後穹窿出現痛性結節，可以診斷盆腔子宮內膜異位症。

另外子宮內膜異位症可以侵犯到全身任何部位，例如鼻黏膜、皮膚、肺部、膀胱以及輸尿管、直腸。較小病灶一般通過B超無法發現，主要通過結合患者病史、體格檢查診斷有無子宮內膜異位症。