子宮內膜異位症屬於性激素依賴性疾病，所以只要患者不絕經，子宮內膜異位症可以復發。即使手術並不能解決根本問題，所以子宮內膜異位症屬於長期管理疾病。但治療除手術治療以後需要藥物進行管理，需要使用藥物主要為高效孕激素以及避孕藥。激素存在一定副作用，例如極少數患者服用以後可能會引起發胖，但大多數患者可以耐受。

使用高效孕激素以及避孕藥可以選擇副作用較輕微的藥物。高效孕激素包括孕三烯酮、丹那唑，這些藥物一般由於含有雄激素類衍生物，存在雄激素樣作用，所以很多人會出現聲音變粗、毛髮增多。孕激素副作用包括乳房脹痛、頭痛症狀，但隨藥物研發，現在使用藥物副作用較小，較為輕微。極少數患者出現口服避孕藥以後引起發胖，此時可以選擇副作用較輕的藥物。