子宮內膜異位症患者可以懷孕，大部分患者容易合併不孕症，原因主要是子宮內膜異位症會相應的引起女性患者盆腔內粘連、輸卵管病變、排卵障礙、月經紊亂，所以相對不容易懷孕。

但是一旦懷孕以後，對子宮內膜異位症具有治療作用，所以在臨床上，通常鼓勵這類患者懷孕。臨床上有一種治療方法叫做假孕療法，就是利用該原理。針對不容易懷孕的患者，臨床上有一些輔助生殖技術，比如通過促排卵或者試管嬰兒技術，都可以讓患者懷孕。