子宮內膜異位症併發症目前臨床見得較多的為疼痛和不孕，疼痛最主要表現是痛經，較多患者月經期間就診時面色蒼白，大汗淋漓，均為痛經導致。除痛經外，部分患者可出現慢性盆腔痛、性交痛、外陰痛等。故性交痛患者不願意同房，此亦為影響不孕的主要因素。所以，子宮內膜異位症另一個主要併發症為不孕，40%-50%子宮內膜異位症患者均合併不孕。

子宮內膜異位症導致不孕的原因較多，目前常見原因可能為盆腔環境改變影響精卵結合、輸送，以及子宮內膜活性異常增加，造成胚胎受孕困難。還有部分患者因子宮內膜異位導致卵巢功能、排卵障礙，即常見黃素化未破裂卵泡綜合徵。部分患者因子宮內膜異位症造成月經量較多，也出現貧血。