早期子宮內膜異位症的患者術後懷孕率能達80%左右。但是對於病變嚴重，粘連較廣泛，臟器損傷較嚴重的患者，其懷孕幾率依舊比較低。此類患者即使手術後，也建議儘快行試管嬰兒解決生育問題。

子宮內膜異位症患者手術後，主要是將影響懷孕的因素進行矯正和治療。如切除子宮內膜異位病灶，切除粘連，分解子宮和直腸，子宮與膀胱的粘連，恢復盆腔正常解剖結構，這些均有助於懷孕。故對於輕症子宮內膜異位症患者，手術治療後生育率幾乎無影響。對於腹腔鏡手術的患者，通常醫生會給予藥物治療3-6個月，爭取讓患者在一年之內懷孕。