子宮內膜異位症引起的痛經，無法根治，因目前沒有藥物能治癒子宮內膜異位症。針對痛經而言，部分對症治療藥物可緩解疼痛。對於輕度痛經，若患者可忍受疼痛，且不影響生活，則無需治療；但若影響患者生活，可適量服用止痛藥緩解疼痛；此外，也可服用短效避孕藥，因其會抑制排卵，可緩解子宮內膜異位症的疼痛。

若上述方法效果均不佳，還可注射長效GnRHa，抑制垂體功能，使垂體的功能達到絕經狀態，患者痛經也可消失。通常使患者閉經三個月到半年，痛經緩和後可加避孕藥或輔助鎮痛藥物，對於沒有生育要求的患者可採用此種治療方法。若有生育要求，需在治療痛經的前提下，促進生育。

此外，若女性無生育要求可放宮內曼月樂環，可釋放孕激素抑制痛經，也可達到較好效果，但同時也避孕。而目前有第三代的孕激素治療，為治療痛經新藥，效果亦較好。但是，上述所有治療均需在醫生指導下進行。