子宮內膜異位症是一種複雜的婦科內分泌疾病和免疫性疾病，但是子宮內膜異位症不是絕對不能自然懷孕。如果出現嚴重的子宮內膜異位症或子宮腺肌症，其受孕率下降，可以通過腹腔鏡手術去除局部囊腫和異位結節，嚴重的子宮腺肌症可以通過手術剝除或者剔除腺肌瘤，來達到一定的治癒效果。

現在子宮內膜異位症可能更強調體外助孕治療，即試管嬰兒可能更加有效，也可以避免卵巢和子宮的損傷，但是部分嚴重的內異症或腺肌瘤病人通過體外助孕，也難以達到正常受孕的目的。