子宮內膜異位囊腫，即子宮內膜生長於卵巢以及其它部位，並形成囊腫。對於此類囊腫一般可以通過微創手術，比如腹腔鏡手術從卵巢將其剝離，並沖洗乾淨。所以微創手術可以用於處理巧克力囊腫。對於患者而言，巧克力囊腫直徑一般在4cm以上則應進行手術。若囊腫體積比較小，直徑為1-2cm或者2-3cm，同時患者存在生育要求，則可以於生育後再觀察囊腫。但如果囊腫比較大，則將影響生育，因此通常囊腫直徑超過4cm以上會建議進行手術。

因為子宮內膜受卵巢激素的影響，每個月會出現剝脫和出血，從而會形成一種出血性囊腫。而出血可隨時間延長變成較黑，較為黏稠的血液，所以醫學名詞將其稱為巧克力囊腫。手術當中可以看到巧克力囊腫主要生長在卵巢上，術中若將囊腫剝離，流出的液體則將呈巧克力顏色、巧克力性狀。