子宮內膜異位症極易復發，子宮內膜異位症如果僅做手術，不給予術後遠期治療和隨訪，五年後複發率可在50%-60%，故一半患者都會復發。要求在術後要長期管理，評分在Ⅲ-Ⅳ期患者可給予GnRHa治療，3-6個月要根據病情和生育要求進行治療，該時間段治療不代表著結束。

如果病人40歲以前不吸菸，可口服避孕藥，控制病情發展。如果是吸菸患者，35歲後不能再口服避孕藥，服用地諾孕素或放曼月樂環即可。因此，做完手術後要進行長期藥物管理。