正常情況下子宮內膜應該生長在子宮腔裡，如果子宮內膜異位到子宮外或異位到盆腔就形成了子宮內膜異位症，如果異位到卵巢可能形成卵巢巧克力囊腫，如果異位到子宮肌層則是子宮腺肌症。子宮內膜異位症可以異位到各個部位，主要是在盆腔，也有可能會影響到其它某些遠處部位。子宮內膜異位症病因不清，最常見的一種解釋是經血倒流，即來月經時通過輸卵管流到盆腔，是經血倒流的一種學說。但是這個學說也不能解釋所有的內膜異位症，因為經血倒流的人很多，並不是所有的人都會得子宮內膜異位症。另外，異位到遠處，如少見的肺部有內膜異位症，用經血倒流的說法也無法解釋。