子宮內膜異位症的治療是比較複雜的過程，醫生會根據子宮內膜異位症發生的部位、性質等來進行綜合的治療。如做檢查時，B超發現卵巢上有子宮內膜異位囊腫，俗稱巧克力囊腫，如果超過了4cm，會建議進行手術治療。若出現性交痛、不孕症等症狀，可能也需要進行手術的干預。

若患者臨近絕經期，可以選擇觀察。子宮內膜異位症的患者在手術後還需要進行手段的干預，以達到預防復發的目的，常用的手段就是藥物治療，包括長效的GnRHa以及口服避孕藥等。