中藥對子宮內膜異位症有一定治療效果，但是不能根治。如果想要根治，只有將子宮附件以及盆腔內所有異位內膜病灶予以切除和清除，術後不用雌激素補充治療，幾乎不復發，適用於45歲以上重症患者。

有生育要求的女性可以保留生育功能，手術切盡或者破壞所有可見異位內膜病灶，分離粘連恢復正常解剖結構，保留子宮、一側或者雙側卵巢，至少保留部分卵巢組織，適用於藥物治療無效、年輕和有生育要求患者，但術後複發率約40%，術後儘早妊娠或者使用藥物以減少復發。