子宮內膜長在宮腔內，但異位生長在不該長的地方，如卵巢表面、盆腹腔、直腸、膀胱、直腸陰道隔等處，而流竄到其它部位的內膜組織也會與正常呆到宮腔內的內膜組織一樣，回應激素所發出的信號，像月經那樣週期性剝脫出血。但這些血液不能像宮內的經血一樣順著宮頸排出，而是被關在體內，不斷的累積形成病灶，從而產生了以下臨床症狀：

1、出現痛經：子宮內膜異位症引起的痛經常會表現為進行性加重，疼痛多位於下腹部和腰骶部，有時可以放射到會陰、肛門及大腿部位，同時可伴有月經量增多，經期延長或月經淋漓不盡；

2、性交痛：性交痛多見於病灶累及陰道直腸隔或者是病變導致子宮後傾固定者，一般表現為深部性交痛，月經來潮前性交痛更加明顯；

3、大便痛：如病灶累及到腸管，導致腸管的狹窄，可引起經前期及經期的便秘，排便困難，排便痛及裡急後重感，而經期過後症狀有所緩解，甚至部分患者可出現腹瀉的症狀，比如病灶侵及腸管部位黏膜層可以引起週期性的血便；

4、週期性的尿頻、尿痛及血尿：如病灶累及到膀胱或輸尿管，可出現泌尿系相關症狀，如尿頻、尿痛、週期性血尿、腰痠等症狀，壓迫輸尿管可以引起腎盂積水，進而影響腎臟功能，甚至造成腎衰竭；

5、腹壁剖宮產切口及會陰切口周圍週期性局部增大的包塊及疼痛：手術時將有活性的子宮內膜組織帶至切口而造成的醫源性的種植。該類患者在接受剖宮產手術或陰道分娩側切手術時，子宮內膜組織順著羊水種植到了手術的區域。在雌激素的作用下，在子宮內膜切口部位生長，於經期出現疼痛，並伴隨著每次月經來潮時逐漸增大，但極少會發生惡變；

6、盆腔包塊：若子宮內膜異位到卵巢可以形成卵巢子宮內膜異位囊腫。單純內膜樣囊腫無明顯的特異性的臨床表現，很難自行發現，往往是在合併月經異常，痛經，不孕，到醫院做檢查或體檢時才發現；

7、急腹痛：月經期卵巢的內膜樣囊腫可因為出血，壓力增加而反覆多出現小的破裂，破裂後立即與周圍的組織發生包裹，會造成一過性的下腹部及盆腔深部的疼痛。如果比較大的卵巢子宮內膜異位囊腫出現比較大的破裂時，囊內液體會流入盆腹腔，引起突發性劇烈的腹痛，常伴有噁心、嘔吐和肛門墜脹感；

8、不孕：子宮內膜異位症引起不孕的原因是多環節的。