子宮內膜異位症哪裡疼跟病灶部位有關係，如比較常見的叫子宮直腸窩，因為那個地方是女性站立時位置最低的，就是盆腔、腹腔最低的位置。如果有經血逆流，可能容易存在這地方，所以子宮直腸窩容易出現疼，出現病灶以後，如性交疼痛、痛經，如果種在卵巢上，出現巧克力囊腫，長大以後出現卵巢附近，盆腔兩側疼痛。這個異位灶還可以跑到別的地方，甚至子宮內膜異位症在生完孩子時，可以種在側切口上，所以每個月來月經時，除了來月經以外，這個地方也會疼痛。所以疼痛的程度、部位、持續時間跟病灶的部位、嚴重程度、位置有很大關係。有人會出現大便時疼痛，每個人表現是不一樣的。