子宮內膜異位症的治療要根據患者的症狀、治療目的、治療要求進行，所以治療方案因人而異。如果疼痛厲害，就給止痛，止痛的方法即吃一些非甾體類的止痛藥。在中醫裡可以使用中醫的辨證論治，中醫治療痛經非常有優勢。中醫可以扎針灸治療。中醫治療通過吃中藥、灌腸、敷藥這些治療都可以明顯地改善痛經。如果說有不孕症狀又有生育要求，就要促進妊娠。如果合併有巧克力囊腫，要去做腹腔鏡手術，再結合著中藥的治療可以明顯的提高的生育能力。