子宮內膜異位症的發病原因目前尚未十分明確，可能與以下因素有關：

1、經血逆流：月經期有少量帶有內膜組織的經血逆流至盆腔，在盆腔內繼續種植、生長、浸潤，形成包塊；

2、體質因素：異位內膜能夠種植，與個人盆腔環境有關，患者可能合併盆腔炎症、免疫功能失調等；

3、遺傳因素：具有一定家族聚集性，發病可能與遺傳有關，若家族中有子宮內膜異位症患者，則女性直系親屬患病率較一般人群高。