治療黴菌性陰道炎最有效的藥物，為克黴唑類藥物，如克黴唑陰道膨脹栓，還有凱妮汀(克黴唑陰道片)和制黴菌素，口服的藥物有氟康唑。在經期、有黴菌性陰道炎的感染，以及沒有性生活的女性用口服藥物治療。已婚、有性生活、陰道感染症狀較嚴重女性，可以陰道局部上藥。治療黴菌性陰道炎的藥物較有效，治療針對性也較強，但是黴菌性陰道炎容易復發。

黴菌性陰道炎的用藥是週期性治療，發現黴菌性陰道炎復發時，用藥1周左右就能治癒，但1個月後還要重複用藥，不用查陰道炎、黴菌性陰道炎是否復發，不復發也要重複性給藥，反覆給3-6個月的藥才能徹底治癒。