甲硝唑主要治療厭氧菌感染所引起的陰道炎，不可以治療黴菌性陰道炎。黴菌性陰道炎為真菌性陰道炎，通常由於菌群失調引起，在使用抗生素的人群中，由於抗生素破壞了局部的正常菌群，黴菌性陰道炎容易發作，甚至復發，患者使用甲硝唑治療可能會適得其反，越治越嚴重，應正確使用抗真菌的藥物，包括克黴唑、制黴菌素、伊曲康唑或大扶康等，患者治療前應該明確病原體，做清潔度和白帶的檢查，再對症下藥。

甲硝唑是一種抗生素，主要治療厭氧菌感染。女性的盆腔和陰道內存在大量厭氧菌，在使用頭孢的同時，可以加用甲硝唑治療。且由厭氧菌引起的陰道炎，如細菌性陰道炎、非特異性陰道炎、老年性陰道炎，患者可以口服或外用甲硝唑進行治療。