懷孕之後較高雌激素水平可能會誘發黴菌性陰道炎，部分患者是初發，部分患者是在懷孕之前患有黴菌性陰道炎，並且反覆發作。雖然黴菌性陰道炎不會增加胎膜早破和早產風險，但是黴菌性陰道炎會導致瘙癢、白帶增多等，影響生活質量症狀。孕期治療黴菌性陰道炎以緩解症狀為主，主張用克黴唑或者咪康唑類藥物進行陰道局部用藥，而不能使用口服藥物。

部分孕婦在孕期存在黴菌感染，但只是黴菌種植，並不一定有症狀。對於此類情況多數醫生主張不進行治療，但有的國家主張在懷孕後期進行針對性治療，原因是在懷孕後期治療黴菌性陰道炎，可能會避免新生兒鵝口瘡、尿布皮炎等情況發生。