腸功能紊亂一般是暫時性的狀況，如進食不潔食物、過飽、食物冷熱交替、消化不良、著急生氣等均可引起短暫功能紊亂。上述功能紊亂通過自身調節，飲食注意或藥物治療可緩解。但腸易激綜合徵病史較長，屬於功能性腸病。腸易激綜合徵的診斷，症狀需持續3個月到半年以上，且治療上除針對腸道藥物外，如解痙止疼藥物，一般還要加上抗精神焦慮的藥物進行綜合治療。

腸易激綜合徵病史相對較長，與精神情緒相關，腸功能紊亂即短暫性的功能紊亂，經過調節可快速恢復。