腸易激綜合徵通常需要和腸道疾病或腸道外引起腹部症狀的疾病鑑別，主要鑑別的疾病為潰瘍性結腸炎，它們都有腹痛症狀，但是潰瘍性結腸炎在結腸鏡下會有明顯的腸道黏膜病變，如糜爛、潰瘍，一般可以通過腸鏡檢查鑑別。

患者最擔心的往往是結腸腫瘤，通過結腸鏡，對於結腸腫瘤，一般可以發現腸道有新生物，結合病理檢查基本上能鑑別。有其他心身疾病，腹部症狀特別嚴重的，如部分器質性精神障礙，需要通過頭部CT鑑別。