腸易激綜合徵不治療會嚴重影響患者日常生活和工作，有的患者甚至不敢或者不能去正常上班。如果出現頻繁腹瀉，就會出現營養不良。經常腹瀉可降低人的抵抗力，使患者對其它傳染病或者其它感染降低抵抗力。經常腹瀉還會引起腸道的改變，甚至引起結腸癌。

長期便秘使機體毒物不能及時清除，體內毒素和代謝產物在體內重新被吸收，尤其是其中的致癌物質在腸道中積存時間過長，很容易引起腸癌或者其它消化系統的癌症，腸易激綜合徵可以導致營養吸收不良、貧血及維生素缺乏。