大部分患者的卵巢巧克力囊腫能治好，但是百分之二十幾的患者會復發。卵巢巧克力囊腫是年輕女性經常發生的一種良性疾病，能否治好主要取決於卵巢囊腫的大小和範圍等。

巧克力囊腫指子宮內膜異位到卵巢，在卵巢處出血而形成的囊腫，分為大囊腫和小囊腫，小囊腫可能不會影響懷孕等。如果巧克力囊腫比較大，侵襲周圍組織，使輸卵管發生阻塞或者蠕動困難、拾卵困難，則可造成不孕症，對於此類患者需進行手術治療。因此，對於卵巢巧克力囊腫的患者，除觀察以外，還可行手術治療，而手術治療多采用微創手術的方法。