巧克力囊腫可表現為CA125增高。大部分患者在發病初期症狀較輕時，巧克力囊腫較小，CA125可能沒有變化。CA125增高常見於重症子宮內膜異位症，或者是深部浸潤型子宮內膜異位症的患者。一般CA125增高範圍較為寬泛，對於輕度或者輕度升高CA125患者，可以先採取觀察治療。

CA125不是特異性和敏感性高的指標，在子宮內膜癌或卵巢癌等疾病中可能水平增高。部分炎性疾病也會導致CA125增高，所以CA125通常用於隨訪、評價手術療效，以及術後復發情況。