巧克力囊腫打針後，部分患者停藥2個月即可月經來潮，但亦有部分患者停藥3-4個月，甚至半年後月經再次才會來潮，上述月經來潮時間均屬於正常情況，建議無需過於擔憂。

巧克力囊腫的治療方法治療包括注射針劑治療，此針劑可以抑制患者體內的雌激素，使雌激素迅速降低至絕經後水平，從而治療巧克力囊腫。由於此類針劑可以抑制卵巢功能，所以在治療期間患者的月經通常會停止來潮。在結束此類針劑注射治療後，隨著卵巢功能恢復，可以恢復排卵及激素分泌，使月經重新來潮。因為每個患者對該藥物的敏感性存在區別，所以此過程所需的時間長短不一。