卵巢巧克力囊腫由於是在卵巢上生長，所以可能影響卵巢的功能，影響卵巢排卵，所以會對月經有一定影響。部分卵巢巧克力囊腫患者，可以表現為月經不太規律或點滴狀出血，可能引起月經改變。

部分有卵巢巧克力囊腫的患者，有時會合並子宮肌瘤或子宮腺肌瘤、子宮內膜的病變，如內膜息肉、增生等，如果出現上述情況，也會引起月經變化。所以如果患者有卵巢巧克力囊腫，除有可能痛經或影響懷孕外，也會對卵巢有一定影響，也會影響月經。所以建議巧克力囊腫的患者，及時到醫院進行診治。