卵巢巧克力囊腫屬於贅生性囊腫，通常出現後難以自行消失，可以隨著女性每次月經逐漸長大。少數情況下，如果巧克力囊腫較小，如僅為1-2cm不影響妊娠，在女性懷孕後，可能對巧克力囊腫有一定治療作用，即分娩後複查時，發現巧克力囊腫已自行消失，但此情況較少見。

卵巢巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，子宮內膜異位症是婦科良性疾病，子宮內膜可以異位至多個部位，如子宮內膜異位至卵巢，可以在局部形成囊腫，臨床稱為巧克力囊腫。由於隨每次月經來潮時，異位至卵巢的子宮內膜定期出血，但血液無法排出並積聚在卵巢內，久而久之則形成囊腫。由於囊腫內陳舊血液流出後外觀類似巧克力，因此稱之為巧克力囊腫。