通過熱敷小腹，不能使巧克力囊腫轉歸，但是可以增加局部血液循環，減輕患者的疼痛症狀，症狀減輕後可能會產生舒適感。巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢上的一種疾病，屬於器質性病變，且卵巢已經形成囊性增大的病變。

所以卵巢巧克力囊腫的具體治療，通常不能憑藉熱敷解決，通常需進行藥物治療和手術治療。藥物治療包括一線藥物和二線藥物，如非甾體消炎藥、高效孕激素、口服避孕藥、GnRH即促性腺激素釋放激素，以及左炔諾孕酮宮內緩釋系統等。並且手術也是去除巧克力囊腫的有效方法。