通常巧克力囊腫術後注意事項，主要包括以下幾點：

1、巧克力囊腫術後，要求術後隨訪；

2、需要給予患者口服藥物治療，包括非甾體類消炎藥、口服避孕藥、孕激素類藥物，以及左炔諾孕酮宮內節育系統類，以延緩術後復發，減輕患者疼痛等症狀；

3、需要給予患者進行針劑治療，包括不同劑型的GnRH，即促性腺激素釋放激素。

巧克力囊腫手術是標準治療辦法之一，術後患者還需進行藥物治療和長期管理，從而延緩復發，減輕症狀。此外對於有生育要求患者，建議積極促孕，並尋求生殖科專家幫助。