巧克力囊腫通常可以治癒。巧克力囊腫在臨床上通常採用腹腔鏡方式確診，治療方法主要包括手術治療、藥物治療，以及手術加藥物結合治療。對巧克力囊腫進行手術剝除後，多數囊腫患病組織都會被剝除。

此外需注意巧克力囊腫，可能出現復發的情況，難以完全根治。如部分殘餘病灶可以死灰復燃，數年後有復發的可能。因為卵巢有功能，且子宮內膜持續存在，即使將所有肉眼可見病灶全部剝除，但依然存在肉眼不可見病灶，或有再發的可能。