巧克力囊腫術後，通常可以注射GnRH，即促性腺激素釋放激素。巧克力囊腫手術是經典的治療方法，尤其是腹腔鏡手術。雖然手術可以治癒巧克力囊腫，但因巧克力囊腫不能徹底根治，所以術後需要進行藥物治療。

通常藥物治療包括口服藥物和注射針劑，口服藥物包括口服避孕藥和孕激素，而目前常見治療方式是注射針劑，主要為GnRH。目前GnRH有多種劑型，根據不同生產廠家、不同劑型，包括皮下注射、肌肉注射等不同注射方式。並且需在治療時根據患者雌激素水平進行反向添加。